Fundación de los primeros conventos en Michoacán: Tzinzuntzan, Pátzcuaro, Uruapan, Erongaricuaro, Valladolid (Morelia), Taximaroa (Cd. Hidalgo) y Zinápecuaro.

Fundación de los primeros conventos fuera de Michoacán: Apaseo el Grande, Acámbaro, Chamacuero (Comonfort), San Miguel de Allende, y Victoria, en Guanajuato; san Pedro Tolimán y Santiago de Querétaro, en Querétaro. 

Fundación oficial de la Provincia franciscana de san Pedro y san Pablo de Michoacán. 

Fundación de la Custodia de sta. Catarina mártir, en Río Verde, San Luis Potosí. Brindó atención pastoral a más de 15 misiones durante 213 años. Muchos frailes dedicaron los mejores años de su vida en esta tierra de misión.

Creación del Colegio superior de Celaya, Gto., una de las casas de formación más importantes de la Provincia. 

Aparte de la misión y la formación, algunos frailes optaron por llevar una vida más edificante, ayudándose del estudio, la austeridad y la oración, para lo cual se fundaron las Casas de Recolección de la Provincia: La Sta. Cruz de Qro.; San Fco. de Pátzcuaro; S. Miguel de Allende, Gto; y El Pueblito, Qro. 

El Colegio superior de Celaya se convierte en Universidad pontificia. A partir de ahora, además de frailes, también se admite a seglares en las aulas. 

Fr. Antonio de Villalba, ministro provincial, declara a la Virgen de El Pueblito como Patrona principal de la Provincia de san Pedro y san Pablo de Michoacán y de sus Capítulos.

El rey de España, Fernando VI, emite un decreto en el que pide que todas las parroquias de los religiosos pasen a manos del clero diocesano. Es en este periodo que la geografía de la Provincia se modifica, disminuyendo significativamente su presencia en el estado de Michoacán. 

Se promulga la primera Constitución política de México, la cual desfavorece a la Iglesia como institución.

Se decreta la expulsión de los españoles del país, inclusive los religiosos. También se exige nuevamente la secularización de las parroquias y misiones de los religiosos. Todo ello provoca una disminución importante en el número de frailes en el país.  

La Custodia de sta. Catarina mártir, en Río Verde es cedida a la diócesis de Michoacán.

Con las leyes de Reforma del presidente Benito Juárez se prohíbe la profesión de votos evangélicos, los frailes son expulsados de sus conventos, algunos frailes son asesinados, los conventos son subastados, el Noviciado de la Provincia es clausurado, y se culpa a la Iglesia de las desgracias que vive el país.

La Universidad pontificia de Celaya es clausurada a causa de las Leyes de Reforma.

Para sobrevivir durante este difícil periodo los frailes de la Provincia de Michoacán: usaron la sotana secular en lugar del hábito religioso que estaba prohibido; adquirieron algunos conventos subastados por el gobierno; habitaron las iglesias en compañía de sus familiares para dar la apariencia de que no eran religiosos; continuaron recibiendo novicios en la clandestinidad.

Después de la muerte del presidente Juárez, para fortalecer la Provincia: se funda el Colegio Seráfico que recibe candidatos adolescentes a la vida religiosa; se construye el convento de Bucareli, en la Sierra Gorda de Querétaro, para la formación de los novicios; se apoya la creación del Seminario de Teología en El Pueblito, Querétaro.

Fuerte persecución religiosa a la cual resistió la Provincia, dando testimonio de fidelidad con los únicos franciscanos sacrificados por “odium fidei”: Fray José Pérez, Fray Junípero de la Vega y Fray Humilde Martínez (los tres en proceso de beatificación).

La Provincia recupera su régimen y comienza de nuevo a elegir su propio gobierno. Comienza un periodo de reorganización y florecimiento.